Nijo-jo was oorspronkelijk de residentie van Shogun Tokugawa Iayasu. De vele gebouwen op het kasteelterrein werden gebouwd over een periode van 23 jaar en werden voltooid in 1626. Het kasteel bleef de residentie voor de lange rij Tokugawa-shoguns totdat het Tokogawa-shogunaat in 1867 de macht verloor. Het werd toen een keizerlijk paleis tot 1939 toen het werd gegeven aan Kyoto City.
Het kasteelterrein is aangelegd in twee rechthoekige grachten, de ene binnen in de andere. In de eerste gracht bevindt zich het Ninomaru-paleis. Het hield de vertrekken, kantoren en vergaderruimten van de sjogoen in vijf afzonderlijke gebouwen verbonden door lange gangen. Bezoekers kwamen aan het einde van de lijn van structuren. Hoe ver een bezoeker het complex mocht betreden was afhankelijk van zijn status.
Het interieur van het paleis is uitgebreid. Gesneden houten details, bladgoud en handgeschilderde tatami-kamerdeuren sieren de gebouwen. Deze extravagantie diende om de kracht van de shoguns aan bezoekers te demonstreren.
Ninomaru Palace is gebouwd door vakmensen uit de Japanse hinoki-cipres. De houten vloeren van de verbindingsgangen waren zo gebouwd dat wanneer iemand op de vloer liep, ze kraakten als het getjilp van een vogel. Deze “nachtegaalvloeren” werden aangelegd om paleiswachten te waarschuwen als er een indringer was.
