Nanzen-ji werd gebouwd in de Heian-periode (794-1185) op het terrein van het vrijstaande paleis van Tennō Kameyama. De keizer was voorstander van het zenboeddhisme en steunde de relatief nieuwe religie door deze in de aristocratische kringen te introduceren. Het is de hoofdtempel van de Nanzen-ji-tak van Rinzai Zen-boeddhisme.
Van bijzonder belang is de droge landschapstuin (kare-sansui) voor de Hōjō, de verblijfplaats van de hoofdpriester. De fusuma-e, de schilderijen op de houten schuifdeuren, zijn ook indrukwekkend. Ze zijn geschilderd door schilders van de beroemde Kanō-school.
