Heian Jingū heeft een relatief korte geschiedenis, die teruggaat tot iets meer dan honderd jaar tot 1895. Het heiligdom werd gebouwd ter gelegenheid van het 1100-jarig bestaan van de stichting van de hoofdstad in Kyoto en is gewijd aan de geesten van de eerste en laatste keizers die regeerden uit de stad, keizer Kammu (737-806) en keizer Komei (1831-1867). Heian is de vroegere naam van Kyoto.
Een gigantische poort markeert de nadering van het heiligdom, waarrond er een paar musea zijn. De eigenlijke heiligdomgronden zelf zijn erg ruim, met een brede open binnenplaats in het midden. De hoofdgebouwen van het altaar zijn een gedeeltelijke replica van het oorspronkelijke keizerlijke paleis uit de Heian-periode, gebouwd op een iets kleinere schaal dan het origineel.
Achter de hoofdgebouwen bevindt zich een mooie tuin met een verscheidenheid aan planten, vijvers en traditionele gebouwen. Het meest in het oog springende kenmerk van de tuin zijn de vele treurige kersenbomen, die een paar dagen later bloeien dan de meeste andere kersenbomen, waardoor de tuin een van de beste kersenbloesems is in Kyoto rond het einde van het seizoen, meestal rond half april. .
Af en toe wordt het hof van het heiligdom gebruikt voor speciale evenementen. De tempel dient bijvoorbeeld elk jaar op 22 oktober, de verjaardag van de stichting van Kyoto, als een locatie voor het Jidai-festival. Het belangrijkste evenement van het festival is een parade van mensen in kostuums uit verschillende perioden van de Japanse geschiedenis die van het keizerlijk paleis van Kyoto naar de Heian-tempel leidt.
