Yogjakarta is pas in de 18e eeuw gesticht door Prins Mangkubumi na een ruzie met zijn broer, de Susuhunan van Soekarno. De prins nam de titel van Sultan aan en de dynastieke naam Hamengkubuwone, wat betekent: “het universum in de schoot van de koning“.
Een tijdlang was Yogja de machtigste Javaanse staat en later een symbool van onafhankelijkheid door zijn houding jegens de Hollandse kolonialisten. Daardoor werd Yogja een speciaal district, dat rechtstreeks onder Jakarta viel, en hoewel het sultanaat niet meer bestaat, is de huidige Sultan, die nog in de Kraton woont, de plaatselijke gouverneur geworden, waaruit blijkt hoe gelieft hij is.