De Daitoku-ji is belangrijk voor de zen sekte Rinzai. De tempel werd gesticht in 1324, maar de oorsprongkelijke gebouwen werden verwoest tijdens de Onin-oorlog (1467-1477) Na herbouw in 1479 volgden uitbreidingen tijdens de 16e en 17e eeuw; zoals gebruikelijk kwamen de nieuwe gebouwen vaak van een andere locatie.
De keizerlijke bodenpoort Chokushi-mon , een geschenk van keizerin Meisho, werd in 1640 hierheen verlaatst vanuit het keizerlijk paleis; de Chinese poort Karamon, met beeldhouwwerk van Hidari Jingoro, kwam van het Fushimi kasteel van shogon Toyotomi Hideyoshi. De grote theemeester Sen-no-Rikyu belastte zich in 1589 met de bouw van de sanmonpoort; dat hij een beeld van zichzelf erbovenop plaatste was reden voor Hideyoshi hem ter dood te veroordelen.
De tuin bij het Hoji werd ontworpen door de befaamde landschapsarchitect Kobori Enshu. De Juko-in met Sen-no Rikyu’s graftombe, bevindt zich ten westen van de tuin. Om het hoofdcomplex van de Daitoku-ji heen staan 23 hulptempels, waaronder de Daisen-in. De tuin wordt beschouwd als een meesterwerk van de landschapsarchitect Soami.
